Other packages > Find by keyword >

bio3d  

Biological Structure Analysis
View on CRAN: Click here


Download and install bio3d package within the R console
Install from CRAN:
install.packages("bio3d")

Install from Github:
library("remotes")
install_github("cran/bio3d")

Install by package version:
library("remotes")
install_version("bio3d", "2.4-5")



Attach the package and use:
library("bio3d")
Maintained by
Barry Grant
[Scholar Profile | Author Map]
First Published: 2014-10-15
Latest Update: 2022-10-26
Description:
Utilities to process, organize and explore protein structure, sequence and dynamics data. Features include the ability to read and write structure, sequence and dynamic trajectory data, perform sequence and structure database searches, data summaries, atom selection, alignment, superposition, rigid core identification, clustering, torsion analysis, distance matrix analysis, structure and sequence conservation analysis, normal mode analysis, principal component analysis of heterogeneous structure data, and correlation network analysis from normal mode and molecular dynamics data. In addition, various utility functions are provided to enable the statistical and graphical power of the R environment to work with biological sequence and structural data. Please refer to the URLs below for more information.
How to cite:
Barry Grant (2014). bio3d: Biological Structure Analysis. R package version 2.4-5, https://cran.r-project.org/web/packages/bio3d. Accessed 07 Apr. 2025.
Previous versions and publish date:
2.1-1 (2014-10-15 23:57), 2.1-2 (2014-10-21 18:12), 2.1-3 (2014-10-27 19:03), 2.2-1 (2015-02-27 07:18), 2.2-2 (2015-03-03 07:34), 2.2-3 (2015-09-04 21:49), 2.2-4 (2015-12-12 09:12), 2.3-0 (2016-09-30 23:15), 2.3-1 (2016-11-12 00:27), 2.3-2 (2017-06-15 01:30), 2.3-3 (2017-07-31 06:23), 2.3-4 (2018-04-03 09:42), 2.4-0 (2019-11-26 18:40), 2.4-1 (2020-01-21 08:50), 2.4-2 (2021-05-11 09:02), 2.4-3 (2022-03-10 23:30), 2.4-4 (2022-10-27 00:45)
Other packages that cited bio3d R package
View bio3d citation profile
Other R packages that bio3d depends, imports, suggests or enhances
Complete documentation for bio3d
Functions, R codes and Examples using the bio3d R package
Some associated functions: aa.index . aa.table . aa123 . aa2index . aa2mass . aanma.pdb . aanma.pdbs . aln2html . angle.xyz . as.fasta . as.pdb . as.select . atom.index . atom.select . atom2ele . atom2mass . atom2xyz . basename.pdb . bhattacharyya . binding.site . bio3d.package . biounit . blast.pdb . bounds . bounds.sse . bwr.colors . cat.pdb . chain.pdb . check.utility . clean.pdb . cmap . cna . cnapath . com . combine.select . community.aln . community.tree . consensus . conserv . convert.pdb . core.cmap . core.find . cov.nma . covsoverlap . dccm.enma . dccm.gnm . dccm.nma . dccm . dccm.pca . dccm.xyz . deformation.nma . diag.ind . difference.vector . dist.xyz . dm . dssp . elements . entropy . example.data . filter.cmap . filter.dccm . filter.identity . filter.rmsd . fit.xyz . fluct.nma . formula2mass . gap.inspect . geostas . get.pdb . get.seq . gnm . hclustplot . hmmer . identify.cna . inner.prod . inspect.connectivity . is.gap . is.mol2 . is.pdb . is.select . is.xyz . layout.cna . lbio3d . load.enmff . mask.dccm . mktrj . motif.find . mustang . network.amendment . nma . nma.pdb . nma.pdbs . normalize.vector . orient.pdb . overlap . pairwise . pca.array . pca . pca.pdbs . pca.tor . pca.xyz . pdb.annotate . pdb2aln.ind . pdb2aln . pdb2sse . pdbaln . pdbfit . pdbs2pdb . pdbs2sse . pdbseq . pdbsplit . pfam . plot.bio3d . plot.cmap . plot.cna . plot.core . plot.dccm . plot.dmat . plot.enma . plot.fasta . plot.fluct . plot.geostas . plot.hmmer . plot.matrix.loadings . plot.nma . plot.pca.loadings . plot.pca . plot.rmsip . print.cna . print.core . print.fasta . print.xyz . project.pca . prune.cna . pymol . read.all . read.cif . read.crd.amber . read.crd.charmm . read.crd . read.dcd . read.fasta . read.fasta.pdb . read.mol2 . read.ncdf . read.pdb . read.pdcBD . read.pqr . read.prmtop . rgyr . rle2 . rmsd . rmsf . rmsip . sdENM . seq2aln . seqaln . seqaln.pair . seqbind . seqidentity . setup.ncore . sip . sse.bridges . store.atom . struct.aln . torsion.pdb . torsion.xyz . trim.mol2 . trim.pdb . trim.pdbs . trim.xyz . unbound . uniprot . var.xyz . vec2resno . vmd.cna . vmd_colors . wrap.tor . write.crd . write.fasta . write.mol2 . write.ncdf . write.pdb . write.pir . write.pqr . 
Some associated R codes: RcppExports.R . aa123.R . aa2index.R . aa2mass.R . aa321.R . aanma.R . aanma.pdb.R . aanma.pdbs.R . aln2html.R . amsm.xyz.R . angle.xyz.R . arg_filter.R . as.fasta.R . as.pdb.R . as.pdb.mol2.R . as.pdb.prmtop.R . as.select.R . as.xyz.R . atom.select.R . atom.select.mol2.R . atom.select.pdb.R . atom.select.pdbs.R . atom.select.prmtop.R . atom2ele.R . atom2mass.R . atom2xyz.R . basename.pdb.R . bhattacharyya.R . binding.site.R . biounit.R . blast.pdb.R . bounds.R . bounds.sse.R . build.hessian.R . bwr.colors.R . cat.pdb.R . chain.pdb.R . check.utility.R . clean.pdb.R . cmap.R . cmap.pdb.R . cna.R . cna.dccm.R . cna.ensmb.R . cnapath.R . com.R . com.pdb.R . com.xyz.R . combine.select.R . community.aln.R . community.tree.R . consensus.R . conserv.R . convert.pdb.R . core.cmap.R . core.find.R . cov.nma.R . covsoverlap.R . dccm.R . dccm.enma.R . dccm.gnm.R . dccm.nma.R . dccm.pca.R . dccm.xyz.R . deformation.nma.R . diag.ind.R . difference.vector.R . dist.xyz.R . dm.R . dm.xyz.R . dssp.R . dssp.pdb.R . dssp.pdbs.R . dssp.xyz.R . entropy.R . exefile.R . filter.cmap.R . filter.dccm.R . filter.identity.R . filter.rmsd.R . fit.xyz.R . fluct.nma.R . formula2mass.R . gap.inspect.R . geostas.R . get.blast.R . get.pdb.R . get.seq.R . gnm.R . gnm.pdbs.R . hclustplot.R . hmmer.R . identify.cna.R . inner.prod.R . inspect.connectivity.R . is.gap.R . is.mol2.R . is.pdb.R . is.select.R . is.xyz.R . layout.cna.R . lbio3d.R . load.enmff.R . mask.dccm.R . mktrj.R . mktrj.enma.R . mktrj.nma.R . mktrj.pca.R . mono.colors.R . motif.find.R . mustang.R . network.amendment.R . nma.R . nma.pdb.R . nma.pdbs.R . nma_funs.R . normalize.vector.R . orient.pdb.R . overlap.R . pairwise.R . pb.R . pca.R . pca.array.R . pca.pdbs.R . pca.tor.R . pca.xyz.R . pdb.annotate.R . pdb.pfam.R . pdb2aln.R . pdb2aln.ind.R . pdb2sse.R . pdbaln.R . pdbfit.R . pdbs2pdb.R . pdbs2sse.R . pdbseq.R . pdbsplit.R . pfam.R . plot.blast.R . plot.cmap.R . plot.cna.R . plot.core.R . plot.dccm.R . plot.dmat.R . plot.enma.R . plot.fasta.R . plot.fluct.R . plot.geostas.R . plot.hmmer.R . plot.matrix.loadings.R . plot.nma.R . plot.pca.R . plot.pca.loadings.R . plot.pca.score.R . plot.pca.scree.R . plot.rmsip.R . plotb3.R . print.cna.R . print.core.R . print.enma.R . print.fasta.R . print.geostas.R . print.nma.R . print.pca.R . print.pdb.R . print.prmtop.R . print.select.R . print.sse.R . print.xyz.R . project.pca.R . prune.cna.R . pymol.dccm.R . pymol.modes.R . pymol.pdbs.R . read.all.R . read.cif.R . read.crd.R . read.crd.amber.R . read.crd.charmm.R . read.dcd.R . read.fasta.R . read.fasta.pdb.R . read.mol2.R . read.ncdf.R . read.pdb.R . read.pdb2.R . read.pdcBD.R . read.pqr.R . read.prmtop.R . rgyr.R . rle2.R . rmsd.R . rmsf.R . rmsip.R . rot.lsq.R . rtb.R . seq2aln.R . seqaln.R . seqaln.pair.R . seqbind.R . seqidentity.R . setup.ncore.R . sip.R . sse.bridges.R . store.atom.R . stride.R . struct.aln.R . summary.cna.R . summary.cnapath.R . summary.pdb.R . torsion.pdb.R . torsion.xyz.R . trim.mol2.R . trim.pdb.R . trim.pdbs.R . trim.xyz.R . unbound.R . uniprot.R . var.xyz.R . vec2resno.R . vmd.R . vmd.cna.R . vmd.cnapath.R . vmd_colors.R . wrap.tor.R . write.crd.R . write.fasta.R . write.mol2.R . write.ncdf.R . write.pdb.R . write.pir.R . write.pqr.R . xyz2atom.R .  Full bio3d package functions and examples
Downloads during the last 30 days
03/0803/0903/1003/1103/1203/1303/1403/1503/1603/1703/1803/1903/2003/2103/2203/2303/2403/2503/2603/2703/2803/2903/3003/3104/0104/0204/0304/0404/05Downloads for bio3d406080100120140160180TrendBars

Today's Hot Picks in Authors and Packages

letsR  
Data Handling and Analysis in Macroecology
Handling, processing, and analyzing geographic data on species' distributions and environmental var ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  
nutriNetwork  
Structure Learning with Copula Graphical Model
Statistical tool for learning the structure of direct associations among variables for continuous d ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  
MetaAnalyser  
An Interactive Visualisation of Meta-Analysis as a Physical Weighing Machine
An interactive application to visualise meta-analysis data as a physical weighing machine. The inte ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  
r2resize  
In-Text Resize for Images, Tables and Fancy Resize Containers in 'shiny', 'rmarkdown' and 'quarto' Documents
Automatic resizing toolbar for containers, images and tables. Various resizable or expandable contai ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  
probout  
Unsupervised Multivariate Outlier Probabilities for Large Datasets
Estimates unsupervised outlier probabilities for multivariate numeric data with many observations fr ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  
ASMap  
Linkage Map Construction using the MSTmap Algorithm
Functions for Accurate and Speedy linkage map construction, manipulation and diagnosis of Doubled Ha ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  

24,012

R Packages

207,311

Dependencies

64,867

Author Associations

24,013

Publication Badges

© Copyright since 2022. All right reserved, rpkg.net.  Based in Cambridge, Massachusetts, USA