Other packages > Find by keyword >

bio3d  

Biological Structure Analysis
View on CRAN: Click here


Download and install bio3d package within the R console
Install from CRAN:
install.packages("bio3d")

Install from Github:
library("remotes")
install_github("cran/bio3d")

Install by package version:
library("remotes")
install_version("bio3d", "2.4-5")



Attach the package and use:
library("bio3d")
Maintained by
Barry Grant
[Scholar Profile | Author Map]
First Published: 2014-10-15
Latest Update: 2022-10-26
Description:
Utilities to process, organize and explore protein structure, sequence and dynamics data. Features include the ability to read and write structure, sequence and dynamic trajectory data, perform sequence and structure database searches, data summaries, atom selection, alignment, superposition, rigid core identification, clustering, torsion analysis, distance matrix analysis, structure and sequence conservation analysis, normal mode analysis, principal component analysis of heterogeneous structure data, and correlation network analysis from normal mode and molecular dynamics data. In addition, various utility functions are provided to enable the statistical and graphical power of the R environment to work with biological sequence and structural data. Please refer to the URLs below for more information.
How to cite:
Barry Grant (2014). bio3d: Biological Structure Analysis. R package version 2.4-5, https://cran.r-project.org/web/packages/bio3d. Accessed 30 Apr. 2025.
Previous versions and publish date:
2.1-1 (2014-10-15 23:57), 2.1-2 (2014-10-21 18:12), 2.1-3 (2014-10-27 19:03), 2.2-1 (2015-02-27 07:18), 2.2-2 (2015-03-03 07:34), 2.2-3 (2015-09-04 21:49), 2.2-4 (2015-12-12 09:12), 2.3-0 (2016-09-30 23:15), 2.3-1 (2016-11-12 00:27), 2.3-2 (2017-06-15 01:30), 2.3-3 (2017-07-31 06:23), 2.3-4 (2018-04-03 09:42), 2.4-0 (2019-11-26 18:40), 2.4-1 (2020-01-21 08:50), 2.4-2 (2021-05-11 09:02), 2.4-3 (2022-03-10 23:30), 2.4-4 (2022-10-27 00:45)
Other packages that cited bio3d R package
View bio3d citation profile
Other R packages that bio3d depends, imports, suggests or enhances
Complete documentation for bio3d
Functions, R codes and Examples using the bio3d R package
Some associated functions: aa.index . aa.table . aa123 . aa2index . aa2mass . aanma.pdb . aanma.pdbs . aln2html . angle.xyz . as.fasta . as.pdb . as.select . atom.index . atom.select . atom2ele . atom2mass . atom2xyz . basename.pdb . bhattacharyya . binding.site . bio3d.package . biounit . blast.pdb . bounds . bounds.sse . bwr.colors . cat.pdb . chain.pdb . check.utility . clean.pdb . cmap . cna . cnapath . com . combine.select . community.aln . community.tree . consensus . conserv . convert.pdb . core.cmap . core.find . cov.nma . covsoverlap . dccm.enma . dccm.gnm . dccm.nma . dccm . dccm.pca . dccm.xyz . deformation.nma . diag.ind . difference.vector . dist.xyz . dm . dssp . elements . entropy . example.data . filter.cmap . filter.dccm . filter.identity . filter.rmsd . fit.xyz . fluct.nma . formula2mass . gap.inspect . geostas . get.pdb . get.seq . gnm . hclustplot . hmmer . identify.cna . inner.prod . inspect.connectivity . is.gap . is.mol2 . is.pdb . is.select . is.xyz . layout.cna . lbio3d . load.enmff . mask.dccm . mktrj . motif.find . mustang . network.amendment . nma . nma.pdb . nma.pdbs . normalize.vector . orient.pdb . overlap . pairwise . pca.array . pca . pca.pdbs . pca.tor . pca.xyz . pdb.annotate . pdb2aln.ind . pdb2aln . pdb2sse . pdbaln . pdbfit . pdbs2pdb . pdbs2sse . pdbseq . pdbsplit . pfam . plot.bio3d . plot.cmap . plot.cna . plot.core . plot.dccm . plot.dmat . plot.enma . plot.fasta . plot.fluct . plot.geostas . plot.hmmer . plot.matrix.loadings . plot.nma . plot.pca.loadings . plot.pca . plot.rmsip . print.cna . print.core . print.fasta . print.xyz . project.pca . prune.cna . pymol . read.all . read.cif . read.crd.amber . read.crd.charmm . read.crd . read.dcd . read.fasta . read.fasta.pdb . read.mol2 . read.ncdf . read.pdb . read.pdcBD . read.pqr . read.prmtop . rgyr . rle2 . rmsd . rmsf . rmsip . sdENM . seq2aln . seqaln . seqaln.pair . seqbind . seqidentity . setup.ncore . sip . sse.bridges . store.atom . struct.aln . torsion.pdb . torsion.xyz . trim.mol2 . trim.pdb . trim.pdbs . trim.xyz . unbound . uniprot . var.xyz . vec2resno . vmd.cna . vmd_colors . wrap.tor . write.crd . write.fasta . write.mol2 . write.ncdf . write.pdb . write.pir . write.pqr . 
Some associated R codes: RcppExports.R . aa123.R . aa2index.R . aa2mass.R . aa321.R . aanma.R . aanma.pdb.R . aanma.pdbs.R . aln2html.R . amsm.xyz.R . angle.xyz.R . arg_filter.R . as.fasta.R . as.pdb.R . as.pdb.mol2.R . as.pdb.prmtop.R . as.select.R . as.xyz.R . atom.select.R . atom.select.mol2.R . atom.select.pdb.R . atom.select.pdbs.R . atom.select.prmtop.R . atom2ele.R . atom2mass.R . atom2xyz.R . basename.pdb.R . bhattacharyya.R . binding.site.R . biounit.R . blast.pdb.R . bounds.R . bounds.sse.R . build.hessian.R . bwr.colors.R . cat.pdb.R . chain.pdb.R . check.utility.R . clean.pdb.R . cmap.R . cmap.pdb.R . cna.R . cna.dccm.R . cna.ensmb.R . cnapath.R . com.R . com.pdb.R . com.xyz.R . combine.select.R . community.aln.R . community.tree.R . consensus.R . conserv.R . convert.pdb.R . core.cmap.R . core.find.R . cov.nma.R . covsoverlap.R . dccm.R . dccm.enma.R . dccm.gnm.R . dccm.nma.R . dccm.pca.R . dccm.xyz.R . deformation.nma.R . diag.ind.R . difference.vector.R . dist.xyz.R . dm.R . dm.xyz.R . dssp.R . dssp.pdb.R . dssp.pdbs.R . dssp.xyz.R . entropy.R . exefile.R . filter.cmap.R . filter.dccm.R . filter.identity.R . filter.rmsd.R . fit.xyz.R . fluct.nma.R . formula2mass.R . gap.inspect.R . geostas.R . get.blast.R . get.pdb.R . get.seq.R . gnm.R . gnm.pdbs.R . hclustplot.R . hmmer.R . identify.cna.R . inner.prod.R . inspect.connectivity.R . is.gap.R . is.mol2.R . is.pdb.R . is.select.R . is.xyz.R . layout.cna.R . lbio3d.R . load.enmff.R . mask.dccm.R . mktrj.R . mktrj.enma.R . mktrj.nma.R . mktrj.pca.R . mono.colors.R . motif.find.R . mustang.R . network.amendment.R . nma.R . nma.pdb.R . nma.pdbs.R . nma_funs.R . normalize.vector.R . orient.pdb.R . overlap.R . pairwise.R . pb.R . pca.R . pca.array.R . pca.pdbs.R . pca.tor.R . pca.xyz.R . pdb.annotate.R . pdb.pfam.R . pdb2aln.R . pdb2aln.ind.R . pdb2sse.R . pdbaln.R . pdbfit.R . pdbs2pdb.R . pdbs2sse.R . pdbseq.R . pdbsplit.R . pfam.R . plot.blast.R . plot.cmap.R . plot.cna.R . plot.core.R . plot.dccm.R . plot.dmat.R . plot.enma.R . plot.fasta.R . plot.fluct.R . plot.geostas.R . plot.hmmer.R . plot.matrix.loadings.R . plot.nma.R . plot.pca.R . plot.pca.loadings.R . plot.pca.score.R . plot.pca.scree.R . plot.rmsip.R . plotb3.R . print.cna.R . print.core.R . print.enma.R . print.fasta.R . print.geostas.R . print.nma.R . print.pca.R . print.pdb.R . print.prmtop.R . print.select.R . print.sse.R . print.xyz.R . project.pca.R . prune.cna.R . pymol.dccm.R . pymol.modes.R . pymol.pdbs.R . read.all.R . read.cif.R . read.crd.R . read.crd.amber.R . read.crd.charmm.R . read.dcd.R . read.fasta.R . read.fasta.pdb.R . read.mol2.R . read.ncdf.R . read.pdb.R . read.pdb2.R . read.pdcBD.R . read.pqr.R . read.prmtop.R . rgyr.R . rle2.R . rmsd.R . rmsf.R . rmsip.R . rot.lsq.R . rtb.R . seq2aln.R . seqaln.R . seqaln.pair.R . seqbind.R . seqidentity.R . setup.ncore.R . sip.R . sse.bridges.R . store.atom.R . stride.R . struct.aln.R . summary.cna.R . summary.cnapath.R . summary.pdb.R . torsion.pdb.R . torsion.xyz.R . trim.mol2.R . trim.pdb.R . trim.pdbs.R . trim.xyz.R . unbound.R . uniprot.R . var.xyz.R . vec2resno.R . vmd.R . vmd.cna.R . vmd.cnapath.R . vmd_colors.R . wrap.tor.R . write.crd.R . write.fasta.R . write.mol2.R . write.ncdf.R . write.pdb.R . write.pir.R . write.pqr.R . xyz2atom.R .  Full bio3d package functions and examples
Downloads during the last 30 days
03/3104/0104/0204/0304/0404/0504/0604/0704/0804/0904/1004/1104/1204/1304/1404/1504/1604/1704/1804/1904/2004/2104/2204/2304/2404/2504/2604/2704/28Downloads for bio3d20406080100120140160TrendBars

Today's Hot Picks in Authors and Packages

schrute  
The Entire Transcript from the Office in Tidy Format
The complete scripts from the American version of the Office television show in tibble format. Use ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  
crimeutils  
A Comprehensive Set of Functions to Clean, Analyze, and Present Crime Data
A collection of functions that make it easier to understand crime (or other) data, and assist other ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  
micEconAids  
Demand Analysis with the Almost Ideal Demand System (AIDS)
Functions and tools for analysing consumer demand with the Almost Ideal Demand System (AIDS) sugg ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  
nextGenShinyApps  
Craft Exceptional 'R Shiny' Applications and Dashboards with Novel Responsive Tools
Nove responsive tools for designing and developing 'Shiny' dashboards and applications. The scripts ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  
eyetrackingR  
Eye-Tracking Data Analysis
Addresses tasks along the pipeline from raw data to analysis and visualization for eye-tracking dat ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  
GRAPE  
Gene-Ranking Analysis of Pathway Expression
Gene-Ranking Analysis of Pathway Expression (GRAPE) is a tool for summarizing the consensus behavio ...
Download / Learn more Package Citations See dependency  

24,142

R Packages

207,311

Dependencies

65,176

Author Associations

24,143

Publication Badges

© Copyright since 2022. All right reserved, rpkg.net.  Based in Cambridge, Massachusetts, USA