View beautier citation profile

Some associated functions: alpha_parameter_to_xml . are_clock_models . are_equal_mcmcs . are_equal_screenlogs . are_equal_tracelogs . are_equal_treelogs . are_equal_xml_files . are_equal_xml_lines . are_equivalent_xml_files . are_equivalent_xml_lines . are_equivalent_xml_lines_all . are_equivalent_xml_lines_loggers . are_equivalent_xml_lines_operators . are_equivalent_xml_lines_section . are_fasta_filenames . are_ids . are_init_clock_models . are_init_mrca_priors . are_init_site_models . are_init_tree_priors . are_mrca_align_ids_in_fasta . are_mrca_priors . are_mrca_taxon_names_in_fasta . are_rln_clock_models . are_site_models . are_tree_priors . b_pop_sizes_param_to_xml . b_pop_sizes_parameter_to_xml . bd_tree_prior_to_xml_prior_distr . beautier-package . beautier . beta_parameter_to_xml . cbs_tree_prior_to_xml_prior_distr . ccp_tree_prior_to_xml_prior_distr . ccp_tree_prior_to_xml_state . cep_tree_prior_to_xml_prior_distr . check_alignment_id . check_beauti_options . check_clock_model . check_clock_models . check_empty_beautier_folder . check_file_and_model_agree . check_file_exists . check_filename . check_gamma_site_model . check_gamma_site_model_names . check_gtr_site_model . check_gtr_site_model_names . check_inference_model . check_inference_models . check_is_monophyletic . check_log_mode . check_log_sort . check_mcmc . check_mcmc_list_element_names . check_mcmc_values . check_mrca_prior . check_mrca_prior_name . check_mrca_prior_names . check_mrca_prior_taxa_names . check_ns_mcmc . check_param . check_param_names . check_param_types . check_phylogeny . check_rename_fun . check_rln_clock_model . check_screenlog . check_screenlog_names . check_screenlog_values . check_site_model . check_site_model_names . check_site_model_types . check_site_models . check_store_every . check_strict_clock_model . check_tn93_site_model . check_tn93_site_model_names . check_tracelog . check_tracelog_names . check_tracelog_values . check_tree_prior . check_tree_priors . check_treelog . check_treelog_names . check_treelog_values . clock_model_to_xml_operators . clock_model_to_xml_prior_distr . clock_model_to_xml_state . clock_model_to_xml_tracelog . clock_model_to_xml_treelogger . clock_rate_param_to_xml . compare_lines . count_trailing_spaces . create_alpha_param . create_b_pop_sizes_param . create_bd_tree_prior . create_beast2_beast_xml . create_beast2_input . create_beast2_input_beast . create_beast2_input_data . create_beast2_input_data_sequences . create_beast2_input_distr . create_beast2_input_distr_lh . create_beast2_input_distr_prior . create_beast2_input_file . create_beast2_input_file_from_model . create_beast2_input_from_model . create_beast2_input_init . create_beast2_input_map . create_beast2_input_operators . create_beast2_input_run . create_beast2_input_state . create_beauti_options . create_beauti_options_v2_4 . create_beauti_options_v2_6 . create_beautier_tempfolder . create_beta_distr . create_beta_param . create_branch_rate_model_rln_xml . create_branch_rate_model_sc_xml . create_branch_rate_model_stuff_xml . create_branch_rate_model_xml . create_cbs_tree_prior . create_ccp_tree_prior . create_cep_tree_prior . create_clock_model . create_clock_model_from_name . create_clock_models . create_clock_models_from_names . create_clock_rate_param . create_clock_rate_state_node_parameter_xml . create_data_xml . create_distr . create_exp_distr . create_freq_param . create_gamma_distr . create_gamma_site_model . create_gtr_site_model . create_gtr_subst_model_xml . create_hky_site_model . create_hky_subst_model_xml . create_inference_model . create_inv_gamma_distr . create_jc69_site_model . create_jc69_subst_model_xml . create_kappa_1_param . create_kappa_2_param . create_kappa_param . create_lambda_param . create_laplace_distr . create_log_normal_distr . create_loggers_xml . create_m_param . create_mcmc . create_mean_param . create_mrca_prior . create_mu_param . create_normal_distr . create_ns_inference_model . create_ns_mcmc . create_one_div_x_distr . create_param . create_poisson_distr . create_rate_ac_param . create_rate_ag_param . create_rate_at_param . create_rate_categories_state_node_xml . create_rate_cg_param . create_rate_ct_param . create_rate_gt_param . create_rln_clock_branch_rate_model_xml . create_rln_clock_model . create_s_param . create_scale_param . create_screenlog . create_screenlog_xml . create_sigma_param . create_site_model . create_site_model_from_name . create_site_model_parameters_xml . create_site_model_xml . create_site_models . create_site_models_from_names . create_strict_clock_branch_rate_model_xml . create_strict_clock_model . create_strict_clock_rate_scaler_operator_xml . create_subst_model_xml . create_temp_screenlog_filename . create_temp_tracelog_filename . create_temp_treelog_filename . create_test_inference_model . create_test_mcmc . create_test_ns_inference_model . create_test_ns_mcmc . create_test_screenlog . create_test_tracelog . create_test_treelog . create_tn93_site_model . create_tn93_subst_model_xml . create_tracelog . create_tracelog_xml . create_trait_set_string . create_tree_likelihood_distr_xml . create_tree_prior . create_tree_priors . create_treelog . create_treelog_xml . create_ucld_mean_state_node_param_xml . create_ucld_stdev_state_node_param_xml . create_uniform_distr . create_xml_declaration . create_yule_tree_prior . default_parameters_doc . default_params_doc . distr_to_xml . distr_to_xml_beta . distr_to_xml_exp . distr_to_xml_inv_gamma . distr_to_xml_laplace . distr_to_xml_log_normal . distr_to_xml_normal . distr_to_xml_one_div_x . distr_to_xml_poisson . distr_to_xml_uniform . extract_xml_loggers_from_lines . extract_xml_operators_from_lines . extract_xml_section_from_lines . fasta_file_to_sequences . find_clock_model . find_first_regex_line . find_first_xml_opening_tag_line . find_last_regex_line . find_last_xml_closing_tag_line . freq_equilibrium_to_xml . freq_param_to_xml . gamma_distr_to_xml . gamma_site_model_to_xml_prior_distr . gamma_site_model_to_xml_state . gamma_site_models_to_xml_prior_distr . get_alignment_id . get_alignment_ids . get_alignment_ids_from_fasta_filenames . get_beautier_folder . get_beautier_path . get_beautier_paths . get_beautier_tempfilename . get_clock_model_name . get_clock_model_names . get_clock_models_ids . get_crown_age . get_default_beast_namespace . get_default_beast_namespace_v2_4 . get_default_beast_namespace_v2_6 . get_distr_n_params . get_distr_names . get_fasta_filename . get_file_base_sans_ext . get_freq_equilibrium_names . get_gamma_site_model_n_distrs . get_gamma_site_model_n_params . get_has_non_strict_clock_model . get_inference_model_filenames . get_log_modes . get_log_sorts . get_mcmc_filenames . get_n_taxa . get_operator_id_pre . get_param_names . get_remove_dir_fun . get_remove_hex_fun . get_replace_dir_fun . get_site_model_n_distrs . get_site_model_n_params . get_site_model_names . get_site_models_n_distrs . get_site_models_n_params . get_taxa_names . get_tree_prior_n_distrs . get_tree_prior_n_params . get_tree_prior_names . get_tree_priors_n_distrs . get_tree_priors_n_params . get_xml_closing_tag . get_xml_opening_tag . gtr_site_model_to_xml_prior_distr . gtr_site_model_to_xml_state . has_mrca_prior . has_mrca_prior_with_distr . has_rln_clock_model . has_strict_clock_model . has_tip_dating . has_xml_closing_tag . has_xml_opening_tag . has_xml_short_closing_tag . hky_site_model_to_xml_prior_distr . hky_site_model_to_xml_state . indent . init_bd_tree_prior . init_beta_distr . init_ccp_tree_prior . init_cep_tree_prior . init_clock_models . init_distr . init_exp_distr . init_gamma_distr . init_gamma_site_model . init_gtr_site_model . init_hky_site_model . init_inference_model . init_inv_gamma_distr . init_jc69_site_model . init_laplace_distr . init_log_normal_distr . init_mrca_prior . init_mrca_priors . init_normal_distr . init_one_div_x_distr . init_param . init_poisson_distr . init_rln_clock_model . init_site_models . init_strict_clock_model . init_tn93_site_model . init_tree_priors . init_uniform_distr . init_yule_tree_prior . interspace . is_alpha_param . is_b_pop_sizes_param . is_bd_tree_prior . is_beauti_options . is_beta_distr . is_beta_param . is_cbs_tree_prior . is_ccp_tree_prior . is_cep_tree_prior . is_clock_model . is_clock_model_name . is_clock_rate_param . is_default_mcmc . is_distr . is_distr_name . is_exp_distr . is_freq_equilibrium_name . is_freq_param . is_gamma_distr . is_gamma_site_model . is_gtr_site_model . is_hky_site_model . is_id . is_in_patterns . is_inference_model . is_init_bd_tree_prior . is_init_beta_distr . is_init_cbs_tree_prior . is_init_ccp_tree_prior . is_init_cep_tree_prior . is_init_clock_model . is_init_distr . is_init_exp_distr . is_init_gamma_distr . is_init_gamma_site_model . is_init_gtr_site_model . is_init_hky_site_model . is_init_inv_gamma_distr . is_init_jc69_site_model . is_init_laplace_distr . is_init_log_normal_distr . is_init_mrca_prior . is_init_normal_distr . is_init_one_div_x_distr . is_init_param . is_init_poisson_distr . is_init_rln_clock_model . is_init_site_model . is_init_strict_clock_model . is_init_tn93_site_model . is_init_tree_prior . is_init_uniform_distr . is_init_yule_tree_prior . is_inv_gamma_distr . is_jc69_site_model . is_kappa_1_param . is_kappa_2_param . is_kappa_param . is_lambda_param . is_laplace_distr . is_log_normal_distr . is_m_param . is_mcmc . is_mcmc_nested_sampling . is_mean_param . is_mrca_align_id_in_fasta . is_mrca_align_ids_in_fastas . is_mrca_prior . is_mrca_prior_with_distr . is_mu_param . is_normal_distr . is_on_appveyor . is_on_ci . is_on_github_actions . is_on_travis . is_one_bool . is_one_div_x_distr . is_one_double . is_one_empty_string . is_one_int . is_one_na . is_one_string . is_one_string_that_is_a_number . is_param . is_param_name . is_phylo . is_poisson_distr . is_rate_ac_param . is_rate_ag_param . is_rate_at_param . is_rate_cg_param . is_rate_ct_param . is_rate_gt_param . is_rln_clock_model . is_s_param . is_scale_param . is_sigma_param . is_site_model . is_site_model_name . is_strict_clock_model . is_tn93_site_model . is_tree_prior . is_tree_prior_name . is_uniform_distr . is_xml . is_yule_tree_prior . jc69_site_model_to_xml_state . kappa_param_to_xml . m_param_to_xml . mcmc_to_xml_run . mcmc_to_xml_run_default . mcmc_to_xml_run_nested_sampling . mrca_prior_to_xml_prior_distr . mrca_prior_to_xml_state . mrca_prior_to_xml_taxonset . mrca_prior_to_xml_tracelog . mrca_priors_to_xml_prior_distr . no_taxa_to_xml_tree . parameter_to_xml . parameter_to_xml_kappa_1 . parameter_to_xml_kappa_2 . parameter_to_xml_lambda . parameter_to_xml_mean . parameter_to_xml_mu . parameter_to_xml_rate_ac . parameter_to_xml_rate_ag . parameter_to_xml_rate_at . parameter_to_xml_rate_cg . parameter_to_xml_rate_ct . parameter_to_xml_rate_gt . parameter_to_xml_s . parameter_to_xml_scale . parameter_to_xml_sigma . remove_beautier_folder . remove_empty_lines . remove_multiline . rename_inference_model_filenames . rename_mcmc_filenames . rln_clock_model_to_xml_mean_rate_prior . rln_clock_model_to_xml_operators . rln_clock_model_to_xml_prior_distr . rln_clock_model_to_xml_state . rln_clock_model_to_xml_tracelog . rnd_phylo_to_xml_init . s_parameter_to_xml . site_model_to_xml_operators . site_model_to_xml_prior_distr . site_model_to_xml_state . site_model_to_xml_tracelog . site_models_to_xml_operators . site_models_to_xml_prior_distr . site_models_to_xml_tracelog . strict_clock_model_to_xml_operators . strict_clock_model_to_xml_prior_distr . strict_clock_model_to_xml_state . strict_clock_model_to_xml_tracelog . taxa_to_xml_tree . tipdate_taxa_to_xml_trait . tipdate_taxa_to_xml_tree . tn93_site_model_to_xml_prior_distr . tn93_site_model_to_xml_state . tree_model_to_tracelog_xml . tree_prior_to_xml_operators . tree_prior_to_xml_prior_distr . tree_prior_to_xml_state . tree_prior_to_xml_tracelog . tree_priors_to_xml_prior_distr . tree_priors_to_xml_tracelog . unindent . yule_tree_prior_to_xml_operators . yule_tree_prior_to_xml_prior_distr . 
Some associated R codes: alpha_parameter_to_xml.R . are_clock_models.R . are_equal_mcmcs.R . are_equal_screenlogs.R . are_equal_tracelogs.R . are_equal_treelogs.R . are_equal_xml_files.R . are_equal_xml_lines.R . are_equivalent_xmls.R . are_fasta_filenames.R . are_ids.R . are_init_clock_models.R . are_init_mrca_priors.R . are_init_site_models.R . are_init_tree_priors.R . are_mrca_align_ids_in_fasta.R . are_mrca_priors.R . are_mrca_taxon_names_in_fasta.R . are_site_models.R . are_tree_priors.R . b_pop_sizes_param_to_xml.R . b_pop_sizes_parameter_to_xml.R . beautier-package.R . beautier.R . beta_parameter_to_xml.R . ccp_tree_prior_to_xml_state.R . check_alignment_id.R . check_beauti_options.R . check_clock_model.R . check_clock_models.R . check_empty_beautier_folder.R . check_file_and_model_agree.R . check_file_exists.R . check_filename.R . check_gamma_site_model.R . check_gtr_site_model.R . check_inference_model.R . check_inference_models.R . check_is_monophyletic.R . check_log_mode.R . check_log_sort.R . check_mcmc.R . check_mcmc_nested_sampling.R . check_mrca_prior.R . check_mrca_prior_name.R . check_mrca_prior_taxa_names.R . check_param.R . check_phylogeny.R . check_rename_fun.R . check_screenlog.R . check_site_model.R . check_site_models.R . check_store_every.R . check_tn93_site_model.R . check_tracelog.R . check_tree_prior.R . check_tree_priors.R . check_treelog.R . check_true_false.R . clock_model_to_xml_operators.R . clock_model_to_xml_prior_distr.R . clock_model_to_xml_state.R . clock_model_to_xml_tracelog.R . clock_model_to_xml_treelogger.R . clock_rate_param_to_xml.R . compare_lines.R . count_trailing_spaces.R . create_beast2_beast_xml.R . create_beast2_input.R . create_beast2_input_beast.R . create_beast2_input_data.R . create_beast2_input_data_sequences.R . create_beast2_input_distr.R . create_beast2_input_file.R . create_beast2_input_file_from_model.R . create_beast2_input_from_model.R . create_beast2_input_init.R . create_beast2_input_map.R . create_beast2_input_operators.R . create_beast2_input_run.R . create_beast2_input_state.R . create_beast2_input_xml.R . create_beauti_options.R . create_beauti_options_v2_4.R . create_beauti_options_v2_6.R . create_beautier_tempfolder.R . create_branch_rate_model_rln_xml.R . create_branch_rate_model_stuff_xml.R . create_branch_rate_model_xml.R . create_clock_model.R . create_clock_model_from_name.R . create_clock_models.R . create_clock_models_from_names.R . create_clock_rate_state_node_parameter_xml.R . create_data_xml.R . create_distr.R . create_gamma_site_model.R . create_inference_model.R . create_loggers_xml.R . create_mcmc.R . create_mcmc_nested_sampling.R . create_mrca_prior.R . create_ns_inference_model.R . create_param.R . create_rate_categories_state_node_xml.R . create_rln_clock_branch_rate_model_xml.R . create_screenlog.R . create_screenlog_xml.R . create_site_model.R . create_site_model_from_name.R . create_site_model_parameters_xml.R . create_site_model_xml.R . create_site_models.R . create_site_models_from_names.R . create_strict_clock_branch_rate_model_xml.R . create_strict_clock_rate_scaler_operator_xml.R . create_subst_model_xml.R . create_temp_screenlog_filename.R . create_temp_tracelog_filename.R . create_temp_treelog_filename.R . create_test_inference_model.R . create_test_mcmc.R . create_test_ns_inference_model.R . create_test_ns_mcmc.R . create_test_screenlog.R . create_test_tracelog.R . create_test_treelog.R . create_tracelog.R . create_tracelog_xml.R . create_trait_set_string.R . create_tree_likelihood_distr_xml.R . create_tree_prior.R . create_tree_priors.R . create_treelog.R . create_treelog_xml.R . create_ucld_mean_state_node_param_xml.R . create_ucld_stdev_state_node_param_xml.R . default_params_doc.R . distr_to_xml.R . extract_xml_loggers_from_lines.R . extract_xml_operators_from_lines.R . extract_xml_section_from_lines.R . fasta_to_sequences.R . find_clock_model.R . find_first_regex_line.R . find_first_xml_opening_tag_line.R . find_last_regex_line.R . find_last_xml_closing_tag_line.R . freq_equilibrium_to_xml.R . freq_param_to_xml.R . gamma_distr_to_xml.R . gamma_site_model_to_xml_prior_distr.R . gamma_site_model_to_xml_state.R . gamma_site_models_to_xml_prior_distr.R . get_alignment_id.R . get_alignment_ids.R . get_beautier_folder.R . get_beautier_path.R . get_beautier_paths.R . get_beautier_tempfilename.R . get_clock_model_name.R . get_clock_model_names.R . get_clock_models_ids.R . get_crown_age.R . get_default_beast_namespace.R . get_distr_n_params.R . get_distr_names.R . get_file_base_sans_ext.R . get_freq_equilibrium_names.R . get_gamma_site_model_n_distrs.R . get_gamma_site_model_n_params.R . get_has_non_strict_clock_model.R . get_inference_model_filenames.R . get_log_modes.R . get_log_sorts.R . get_mcmc_filenames.R . get_n_taxa.R . get_operator_id_pre.R . get_param_names.R . get_remove_dir_fun.R . get_remove_hex_fun.R . get_replace_dir_fun.R . get_site_model_n_distrs.R . get_site_model_n_params.R . get_site_model_names.R . get_site_models_n_distrs.R . get_site_models_n_params.R . get_taxa_names.R . get_test_filenames.R . get_tree_prior_n_distrs.R . get_tree_prior_n_params.R . get_tree_prior_names.R . get_tree_priors_n_distrs.R . get_tree_priors_n_params.R . get_xml_closing_tag.R . get_xml_opening_tag.R . gtr_site_model_to_xml_prior.R . gtr_site_model_to_xml_state.R . has_mrca_prior.R . has_mrca_prior_with_distr.R . has_rln_clock_model.R . has_strict_clock_model.R . has_tip_dating.R . has_xml_closing_tag.R . has_xml_opening_tag.R . has_xml_short_closing_tag.R . hky_site_model_to_xml_prior_distr.R . hky_site_model_to_xml_state.R . import-standalone-obj-type.R . import-standalone-types-check.R . indent.R . init_clock_models.R . init_distr.R . init_gamma_site_model.R . init_inference_model.R . init_mrca_prior.R . init_mrca_priors.R . init_param.R . init_site_models.R . init_tree_priors.R . interspace.R . is_beauti_options.R . is_clock_model.R . is_clock_model_name.R . is_default_mcmc.R . is_distr.R . is_distr_name.R . is_freq_equilibrium_name.R . is_gamma_site_model.R . is_id.R . is_in_patterns.R . is_inference_model.R . is_init_clock_model.R . is_init_distr.R . is_init_gamma_site_model.R . is_init_mrca_prior.R . is_init_param.R . is_init_site_model.R . is_init_tree_prior.R . is_m_param.R . is_mcmc.R . is_mrca_align_id_in_fasta.R . is_mrca_align_ids_in_fastas.R . is_mrca_prior.R . is_mrca_prior_with_distr.R . is_on_ci.R . is_one_bool.R . is_one_double.R . is_one_empty_string.R . is_one_int.R . is_one_na.R . is_one_string.R . is_one_string_that_is_a_number.R . is_param.R . is_param_name.R . is_phylo.R . is_site_model.R . is_site_model_name.R . is_tree_prior.R . is_tree_prior_name.R . is_xml.R . jc69_site_model_to_xml_state.R . kappa_param_to_xml.R . m_param_to_xml.R . mcmc_to_xml_run.R . mrca_prior_to_xml_prior_distr.R . mrca_prior_to_xml_state.R . mrca_prior_to_xml_taxonset.R . mrca_prior_to_xml_tracelog.R . mrca_priors_to_xml_distr.R . parameter_to_xml.R . remove_beautier_folder.R . remove_empty_lines.R . remove_multiline.R . rename_inference_model_filenames.R . rename_mcmc_filenames.R . rln_clock_model_to_xml_mean_rate_prior.R . rln_clock_model_to_xml_operators.R . rln_clock_model_to_xml_prior_distr.R . rln_clock_model_to_xml_state.R . rln_clock_model_to_xml_tracelog.R . rnd_phylo_xml_init.R . s_parameter_to_xml.R . site_model_to_xml_operators.R . site_model_to_xml_prior.R . site_model_to_xml_state.R . site_model_to_xml_tracelog.R . site_models_to_xml_operators.R . site_models_to_xml_prior_distr.R . site_models_to_xml_tracelog.R . strict_clock_model_to_xml_operators.R . strict_clock_model_to_xml_prior_distr.R . strict_clock_model_to_xml_state.R . strict_clock_model_to_xml_tracelog.R . taxa_to_xml_tree.R . tipdate_taxa_to_xml_trait.R . tn93_site_model_to_xml_prior_distr.R . tn93_site_model_to_xml_state.R . tree_model_to_tracelog_xml.R . tree_prior_to_xml_operators.R . tree_prior_to_xml_prior_distr.R . tree_prior_to_xml_state.R . tree_prior_to_xml_tracelog.R . tree_priors_to_xml_distr.R . tree_priors_to_xml_tracelog.R . unindent.R . yule_tree_prior_to_xml_operators.R .  Full beautier package functions and examples